La halitosis fisiológica, como el mal aliento matutino, es causada por el estancamiento de la saliva y la putrefacción de partículas de comida atrapadas y células epiteliales descamadas por la acumulación de bacterias en el dorso de la lengua, reconocidas clínicamente como lengua recubierta y disminución de la ingesta frecuente de líquidos. 

Normalmente, el mal aliento o halitosis está causado por ciertas comidas o sustancias ingeridas, como el ajo y el alcohol; por la caries u otra enfermedad dental y por la fermentación de partículas de alimento en la boca.

Esta última es favorecida durante el sueño, ya que la producción de saliva cae en picado mientras dormimos.

Ciertas bacterias, como la Streptococcus mutans, aprovechan esta circunstancia para engrosar la placa dental, que al solidificarse forma el sarro.

Además, otros microorganismos descomponen de forma anaerobia restos alimenticios atrapados entre los dientes.

El mal aliento matinal también puede verse agravado por los gases que son reabsorbidos a nivel del colon y que se liberan a través de la superficie pulmonar al respirar. 

Las condiciones intraorales son la causa del 80 % de los casos de halitosis.

Las infecciones periodontales se caracterizan por un tremendo aumento de bacterias negativas que producen compuestos volátiles de azufre (VSC).

La asociación entre las bacterias anaerobias que producen VSC y halitosis ha sido bien documentada. Los VSC más importantes son el sulfuro de hidrógeno (H2S), el metilmercaptano y el sulfuro de dimetilo.

El dorso de la lengua es el mayor reservorio de bacterias como fuente de gases malolientes. Las diaminas como la putrescina y la cadaverina también son responsables del mal olor oral. 

Las infecciones odontogénicas incluyen la retención de restos de comida en lesiones cariosas profundas y grandes áreas interdentales, dientes malignos, restauraciones defectuosas, pulpa necrótica expuesta, uso excesivo de prótesis acrílicas por la noche, infección de heridas en el sitio de extracción y prótesis mal ajustadas.

La ausencia de saliva o hipofunción produce un aumento de la carga microbiana gramnegativa, lo que aumenta los VSC, una causa conocida de mal olor.

Varias lesiones de la mucosa como sífilis, tuberculosis, estomatitis, neoplasia intraoral y periimplantitis permiten la colonización de microorganismos que liberan una gran cantidad de compuestos malolientes.